Es dudoso que las membranas hayan sido dañadas inadvertidamente durante la instalación. Se requeriría un gran esfuerzo para dañar las membranas RO hasta al grado que las bacterias pudieran pasar fácilmente. Si bien no es imposible que existan imperfecciones de fabricación que permitan el paso de patógenos como los virus, las bacterias son bastante grandes, así que sería improbable.

En nuestra experiencia, los conteos de coliformes totales aumentan en el permeado casi cada vez que se reemplazan las membranas. Esto se debe a que las bacterias se introducen en los componentes laterales del permeado (como el tubo de permeado en la membrana y los interconectores), lo cual provocará un alto conteo de bacterias en el permeado. Esto se puede resolver operando el sistema y enviando el permeado hacia el desagüe durante varios días (generalmente 3 días). Alternativamente, se puede usar un limpiador o desinfectante a base de peróxido (la solución de peróxido pasará parcialmente al lado del permeado bajo la presión aplicada durante la limpieza; esto desinfectará el lado del permeado).  Al desinfectar con soluciones de peróxido de hidrógeno o ácido peracético como AWC D-615, siempre asegúrese de no exceder las concentraciones recomendadas por el fabricante de membranas.

Para evitar altos conteos de coliformes después del montaje de la membrana, buena higiene tiene que ser practicada por el personal del contratista. Deben lavarse bien las manos.  Deben usarse guantes desechables durante la instalación de la membrana. Todos los interconectores, los adaptadores de los extremos, y otros componentes deben sumergirse en peróxido de hidrógeno antes de la instalación.  Se debe tener cuidado de no introducir ningún tipo de contaminación en el tubo de permeado de las membranas RO.

Hemos visto a algunos contratistas sumergir todos los componentes del lado permeado en una solución de bisulfito de sodio, pero eso nunca es exitoso. La solución de bisulfito es un buen conservante que previene el crecimiento de microorganismos aeróbicos, pero sumergir rápidamente los componentes en una solución de bisulfito no produce una muerte instantánea.