Es poco probable que las membranas de OI se dañen inadvertidamente durante la instalación. Si bien es posible que haya imperfecciones de fabricación que permitan el paso de patógenos como virus y bacterias, no es común.

En nuestra experiencia, los recuentos totales de coliformes son altos con la mayoría de las nuevas instalaciones o reemplazos de membranas. Esto se debe a que se introducen bacterias en los componentes del lado del permeado (como el tubo de permeado de la membrana y los interconectores), lo que provocará un alto recuento de bacterias en el permeado. Esto se puede resolver ejecutando el sistema y enviando el permeado a la basura durante varios días (generalmente de 2 a 3 días). Alternativamente, se puede usar un limpiador o desinfectante a base de peróxido (la solución de peróxido pasará parcialmente al lado del permeado bajo la presión aplicada durante la limpieza; esto desinfectará el lado del permeado). Cuando desinfecte con peróxido de hidrógeno o soluciones de ácido peracético como AWC D-615P, asegúrese siempre de no exceder las concentraciones recomendadas por el fabricante de la membrana. En algunos casos, una limpieza de alto pH  puede ser suficiente porque los iones de hidróxido también pasan parcialmente al lado del permeado. Hemos tenido un gran éxito con situaciones similares utilizando AWC C-227, un limpiador patentado de alto pH diseñado específicamente para incrustaciones orgánicas y biológicas.

Con el fin de evitar altos recuentos de coliformes después de la carga de la membrana, el personal del contratista debe practicar una buena higiene. Deben lavarse bien las manos. Se deben usar guantes desechables durante la instalación de la membrana. Una buena práctica es sumergir todos los interconectores, adaptadores de tapa de extremo y otros componentes en AWC D-615P antes de la instalación. Se debe tener cuidado de no introducir ningún tipo de contaminación en el tubo de permeado de las membranas de OI.

Hemos visto a algunos contratistas sumergir todos los componentes del lado del permeado en una solución de bisulfito de sodio, pero eso no funciona. La solución de bisulfito es un buen conservante que previene el crecimiento de microorganismos aeróbicos al eliminar el oxígeno del agua, pero no tiene ningún impacto sobre las bacterias anaeróbicas. El bisulfito no es un biocida, por lo que sumergir rápidamente los componentes en una solución de bisulfito no provoca la muerte instantánea de ningún microorganismo.