El cloro dañará irreversiblemente una membrana OI de poliamida, y como tal, no se puede permitir que cloro residual entre en contacto con la membrana. Esto significa que una vez que declorine, las bacterias sobrevivientes una vez más florecerán, y las bacterias muertas estarán disponibles como fuentes de carbón asimilable para las sobrevivientes. Muchos de los componentes del existente TOC también se desglosarán en AOC (carbono orgánico Asimilable). Estos también se convertirán en una fuente de carbono para el aumento de las poblaciones biológicas y una biomasa resultante. Esto es especialmente un problema con agua de mar la cual tiene un muy alto contenido de orgánicos. Además, las bacterias muertas son sólidos suspendidos y son tan propensas a ensuciar las membranas de agua de mar como cualquier otro orgánico insoluble.

El uso de productos químicos de decloración como el bisulfito también es complicado, porque la sobredosificación eliminará el oxígeno disuelto, dando como resultado un ambiente anaeróbico que puede estimular el crecimiento de ciertos formadores de slime tales como las bacterias sulfato reductoras. Los filtros de carbón no son mucho mejores, ya que se convierten en un criadero por adsorber orgánicos y proporcionar un suministro de AOC a las bacterias sobrevivientes en el agua declorada.

Muchos sistemas OI de aguas residuales de reúso inyectan cloro en su agua de alimentación que ya contiene altos niveles de amoníaco. Esto produce cloraminas que son seguras para el contacto directo con la membrana hasta 5 ppm como cloro combinado. Esto da la ventaja de mantener un entorno bioestático en todo el sistema de membrana. Sin embargo, si usted no tiene ya el amoníaco en el agua, esto sería arriesgado – cualquier avería que conduce a una pérdida de la dosificación del sulfato de amonio daría lugar a daño irreversible a sus membranas. El uso de cloraminas en sistemas de agua de mar no es viable debido a que las sales de bromuro en el agua de mar formarán bromaminas que pueden dañar membranas de poliamida.

En la mayoría de los casos, es mejor evitar la cloración, ya que es más probable que aumente los problemas de biofouling. La dosificación de los biocidas no oxidantes tales como DBNPA es generalmente una mejor solución para desinfectar las membranas sobre una base periódica para extender los tiempos entre las limpiezas. El lavado con permeado antes de cada apagado y / o cada 12 horas también puede ayudar a reducir la frecuencia de limpieza.